Društvo je počelo djelovati 1963. g. kao Hrvatska sekcija bivšeg Jugoslavenskog društva za odvodnjavanje i navodnjavanje (JDON). Od 12. 05. 1977. g. djeluje i radi kao Društvo za odvodnjavanje i navodnjavanje Hrvatske (DONH), a bilo je članica JDON do lipnja 1991. g. Od lipnja 1991. g. djeluje i radi pod imenom Hrvatsko društvo za odvodnju i navodnjavanje (HDON).

Na sjednici International Executive Council the Commission (ICID) održanoj u lipnju 1992. g. (Amsterdam), HDON je primljen u ICID (International Conference on Irrigation and Drainage). To je veliko priznanje, a ujedno i obveza u sklopu meÄ‘unarodnih obveza i aktivnosti HDON. 

Rješenjem Ministarstva uprave Republike Hrvatske od 19. lipnja 1997. g. provedene su izmjene u nazivu i imenovane osobe ovlaštene za zastupanje HDON u Registru društvenih organizacija u udruženjima građana (NN, br. 10/90). Ministarstvo uprave Republike Hrvatske donijelo je 8. listopada 1997. g. Rješenje da je društvena organizacija Hrvatsko društvo za odvodnju i navodnjavanje, Zagreb, s danom 15. srpnja 1997. g. postalo UDRUGA temeljem Zakona o udrugama (NN, br. 70/97).

Od 1963. do 1977. g. funkciju i poslove predsjednika DONH obavljali su: Ivan Milković, dr. Josip Zmaić, Franjo BudiÅ¡ić i prof. dr. Dionis Srebrenović, a tajnika Franjo BudiÅ¡ić, Franjo Jung, Zlatko Selanec, Branko Jelaković i Miroslav Braun. 

Od 1977. do 2003. g. funkciju i poslove predsjednika HDON obavljali su: Martin Pilar, prof. dr. Zorko Kos, Branko Bergman, prof. dr. Frane Tomić, prof. dr. Dragutin GereÅ¡ i prof. dr. Josip MaruÅ¡ić.  U istom razdoblju funkciju i poslove tajnika obavljali su: Josip Sudar, Mirko ÄŒović, Branko Vujasinović, Zorislav Balić, Anto Bagić i Diana Å ustić.